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Situé au sein de l’Institut de biologie François-Jacob du CEA, le Genoscope développe depuis de nombreuses années des méthodes de génomique appliquées aux thématiques environnementales. Il soutient des projets à grande échelle, dont la réalisation dépend d’une infrastructure capable de séquencer de très grandes collections d’échantillons environnementaux. Il a notamment rejoint le programme d’analyse des communautés microbiennes des sols à l’échelle du territoire français et a réalisé le séquençage des échantillons pour caractériser les communautés bactériennes et maintenant les communautés fongiques.